Citroen-bonenkruid heeft, net als bergbonenkruid, een voorkeur voor een zonnige standplaats op goed doorlatende, kalkrijke grond. De plant bloeit van augustus tot oktober met wit-roze bloemen, die bijen en vlinders aantrekken. Satureja montana var. citriodora blijft iets lager (ongeveer 20-30 cm hoog) en is half wintergroen, maar het meest opvallende verschil zit in het aroma en de smaak.

Citroen-bonenkruid onderscheidt zich door een fris citroenaroma, afkomstig van aromatische stoffen zoals limoneen en citral. Dit geeft het een mildere en frissere smaak dan bergbonenkruid, dat juist bekendstaat om zijn intensere, peperachtige geur door hogere concentraties carvacrol en thymol. Ondanks deze smaakverschillen delen beide planten veel medicinale eigenschappen, zoals antimicrobiële en spijsverteringsbevorderende effecten. Citroen bonenkruid is zachter, interessant voor de huid.

Dankzij zijn frisse citrusachtige toets is citroen-bonenkruid bijzonder geschikt voor limonade of thee en lichte gerechten, salades en desserts. Daarnaast kan het worden gebruikt als aromatische toevoeging in oliën of azijnen.